LABORATORIO DE BIOINFORMÁTICA Y DINÁMICA BIOMOLECULAR

 

El laboratorio de Bioinformática y Dinámica Biomolecular se creó en el año 2006 y se dedica a la aplicación de diversas herramientas Bioinformáticas en las investigaciones que se realizan en el CEP. Con lo cual no solo se complementan los resultados experimentales, sino además se contribuye al diseño de nuevos experimentos. Actualmente, el laboratorio concentra sus investigaciones en el estudio de las interacciones proteína-proteína, el cribado virtual de inhibidores de proteasas de la vacuola fagocítica del Plasmodium falciparum y en el estudio de las interacciones proteína-membranas lipídicas modelo. También realizamos investigaciones de conjunto con otras instituciones científicas del país como: el Centro de Inmunología Molecular (CIM) y el Centro Nacional de Sanidad Animal (CENSA).


Integrantes:


Dr. Pedro Alberto Valiente Flores, Profesor Auxiliar: Dirige el Laboratorio de Bioinformática y Diseño Biomolecular. (valiente@fbio.uh.cu)


MSc. Jorge Enrique Hernández González, Profesor Instructor: Realiza su tesis de doctorado en la identificación de inhibidores selectivos de las falcipaínas 2 y 3 del parásito Plasmodium falciparum. (jehg@fbio.uh.cu)


Lic. Williams Ernesto Miranda Delgado, Profesor Instructor: Realiza su tesis de maestría en el desarrollo de nuevos modelos de parámetros del método de estimación lineal de la energía libre. (wmiranda@fbio.uh.cu)


Lic. Haydee Mesa Galloso, Reserva Científica: Realiza su tesis de maestría en la estudio del mecanismo de formación de poros de las actinoporinas. (haydee@fbio.uh.cu)


Lic. Yisel Martínez Noa, Reserva Científica: Realiza su tesis de maestría en el diseño de inhibidores de naturaleza peptídica basados en el falstatin de las falcipaínas 2 y 3 del Plasmodium falciparum. (yiselmn@fbio.uh.cu)


Lic. Mario Ernesto Valdés Tresanco, Reserva Científica: Realiza su tesis de maestría en investigar las contribuciones energéticas de las moléculas de agua que forman parte de los complejos proteína:proteína. (mevaldez@fbio.uh.cu)

 


Publicaciones:


2015

  1. Hernández González JE, García-Fernández R, Valiente P A (2015) Polar Desolvation and Position 226 of Pancreatic and Neutrophil Elastases Are Crucial to Their Affinity for the Kunitz-Type Inhibitors ShPI-1 and ShPI-1/K13L. Plos One(Accepted). IF = 3.534
  2. Miranda W, Noskov S, and Valiente PA (2015) Improving the LIE method for binding free energy calculations of protein-ligand complexes. Journal of Chemical Information and Modeling (DOI: 10.1021/acs.jcim.5b00012). IF = 4.068
  3. Hernández Alvarez L, Naranjo Feliciano D, Hernández González JE, Soares RO, Barreto Gomes DE, Pascutti PG. (2015) Insights into the Interactions of Fasciola hepatica Cathepsin L3 with a Substrate and Potential Novel Inhibitors through In Silico Approaches. PLoS Negl Trop Dis. 9(5):e0003759. (DOI: 10.1371/journal.pntd.0003759). IF = 4.489
  4. Ros U, Rodríguez-Vera W, Pedrera L, Valiente P A, Cabezas-Falcon S, Lanio M E, Garcia-Saez A J, Alvarez C (2015) Differences in activity of actinoporins are related with the hydrophobicity of their N-terminus. Biochimie (DOI: 10.1016/j.biochi.2015.06.024). IF = 3.123
  5. Pascual I, García G, Sánchez L, Díaz L, Arzola L, Labrada N, Arrebola Y, Miranda W E, de los Angeles Chávez M, Valiente P A, Charli J L (2015) Aminopeptidase N from mammals: biochemical caracteristics, physiological functions and implication in physiopathological processes in humans. Revista Cubana de Ciencias Biológicas. Vol 4 (1), 2-16 (ISSN: 2307 695X)

2014

  1. Valiente P A, Tirso Pons, Alejandro Gil Ley, Guerra Borrego, Dra. Isel Pascual Alonso, Williams Ernesto Miranda, Yusvel Sierra Gómez, Gerrit Groenhof, Maarten G Wolf, Daniel Seeliger, Serena Donini, Pedro Geraldo Pascutti, Paulo Ricardo Batista, Ernesto Raúl Caffarena, Isabelle Florent (2014) Análisis in silico de la naturaleza de las interacciones que determinan la especificidad y la selectividad de la plasmepsina II del Plasmodium falciparum por sus sustratos e inhibidores: implicaciones para el diseño de inhibidores más selectivos. Anales de la Academia de Ciencias de Cuba Vol 4 (2), 1-7 (ISBN 50878979)(review in spanish only)
  2. Arrébola-Sánchez YM, Gómez H, Valiente PA, Chávez M, and Pascual I (2014) Dipeptidil peptidase IV and its implication in cancer. Biotecnología Aplicada Vol 31 (2), 102-110. (ISSN 1027-2852).
  3. Delgado-Magnero K H, Valiente PA, Ruiz-Peña M, Pérez-Gramatges A, Pons T (2014) Unravelling the binding mechanism of polyoxyethylene sorbitans with bovine serum albumin: A novel theoretical model based on molecular dynamic simulations. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces. Vol 116, 720-726. (DOI: 10.1016/j.colsurfb.2013.11.018).

2013

  1. Manzano A M, Torres G, González A, Banguela A, Ramos-González P. L., Valiente P A, Sánchez-Lamar M I, Sánchez A, Rochefort D, Malean M D, Ramos-Leal M, and Guerra. G. (2013) Role of Lacasse Isozymes in Textile Dye Decolorization and Diversity of Laccase Genes From Ganoderma weberianum (B-18). J. Appl. Sci. Environ. Sanit. Vol 8 (4) 237-242. (ISSN 0126-2807). 
  2. Gómez H, Chappé M, Valiente PA, Pons T, Chávez M, Charli J L and Pascual I (2013) Effect of zinc and calcium ions on the rat kidney membrane-bound form of dipeptidyl peptidase IV. Journal of Biosciences Vol 38 (3) 461-9. (DOI: 10.1007/s12038-013-9333-8).
  3. Perez-Riverol Y, Hermjakob H, Kohlbacher O, Martens L, Creasy D, Cox J, Leprevost F, Shan BP, Pérez-Nueno VI, Blazejczyk M, Punta M, Vierlinger K, Valiente P A, Leon K, Chinea G, Guirola O, Bringas R, Cabrera G, Guillen G, Padron G, Gonzalez LJ, Besada V. (2013) Computational Proteomics Pitfalls and Challenges: HavanaBioinfo 2012 Workshop Report. J Proteomics Vol 87: 134-138. (DOI: 10.1016/j.jprot.2013.01.019).

2012

  1. García-Fernández R, Pons T, Perbandt M, Valiente P A, Talavera A, González-González Y, Chávez M A, Betzel C, and Redecke L (2012) Structural insights into serine protease inhibition by a multifunctional marine invertebrate Kunitz-type inhibitor. Journal of Structural BiologyVol 180 (2): 271-279. (DOI: 10.1016/j.jsb.2012.08.009).
  2. Guerra Y, Valiente P A, Berry C, and Pons T (2012) Predicting functional residues of the Solanum lycopersicum aspartic protease inhibitor (SLAPI) by combining sequence and structural analysis with molecular docking. Journal of Molecular Modelling Vol 18 (6): 2673-2687. (DOI: 10.1007/s00894-011-1290-2).

2011

  1. Ros U, Díaz D, Pedrera L, de Karam J C, Sudbrack T, Valiente P A, Martinez D, Cilli E M, Pazos F, Itri R, Lanio M E, Schreier S, and Alvarez C (2011) The membranotropic activity of N-terminal peptides from the pore-forming proteins sticholysin I and II is modulated by hydrophobic, electrostatic interactions and lipid composition. Journal of Biosciences Vol 36 (5):781-791. (DOI: 10.1007/s12038-011-9156-4).
  2. Ley AG, Valiente P A, Pascutti PG, and Pons T (2011) Computational Perspectives into Plasmepsins Structure-Function Relationship: Implications to Inhibitor Design. Journal of Tropical Medicine Vol 2011: 657483. (DOI: 10.1155/2011/657483).