Laboratorio de Investigación

Biología Computacional y Diseño de Proteínas


El laboratorio de Biología Computacional se creo en el año 2006 y se dedica a la aplicación de diversas herramientas Bioinformáticas en las investigaciones que se realizan en el CEP. Con lo cual no solo se complementan los resultados experimentales, sino además se contribuye al diseño de nuevos experimentos. Los integrantes del laboratorio poseen una elevada especialización en el análisis de secuencias de proteínas, los métodos de predicción de la estructura tridimensional de las proteínas, la identificación de residuos funcionales, y el empleo de las simulaciones de Dinámica Molecular. Actualmente, el laboratorio concentra sus investigaciones en el estudio de las interacciones proteína-proteína, específicamente los complejos enzima:inhibidor, proteína:ligandos pequeños y en el estudio de las interacciones proteína-membranas lipídicas modelo.

El laboratorio de Biología Computacional también colabora con otros departamentos de la facultad e instituciones científicas del país, por ejemplo, el Centro de Inmunología Molecular (CIM), el Instituto Superior de Ciencias y Tecnologías (InSTEC), el Centro de Ingeniería Genética y Biotecnología (CIGB), la Universidad de las Ciencias Informáticas (UCI), y el Centro Nacional de Sanidad Animal (CENSA).

 

Integrantes

M.Sc. Pedro Alberto Valiente Flores, Profesor Asistente: Dirige el Laboratorio de Biología Computacional desde Mayo de 2011. Realiza su tesis de Doctorado en el estudio de la relación secuencia-estructura-función de las plasmepsinas (Plms) del parásito Plasmodium falciparum, y en el diseño de nuevos inhibidores más selectivos y potentes de las Plms. (valiente[at]fbio.uh.cu)

Lic. Alejandro Gil Ley, Instructor: Realiza su tesis de maestría en el uso de las simulaciones de Dinámica Molecular para el estudio de los modos normales de movimiento en la estructura tridimensional de las proteasas tipo aspártico, específicamente las plasmepsinas del parásito Plasmodium falciparum. (alegil[at]fbio.uh.cu)

Ing. Karelia H. Delgado Magnero, Reserva científica: Realiza su tesis de maestría en el uso de las simulaciones de Dinámica Molecular para el estudio de las interacciones proteína-membranas lipídicas modelo, en específico, la influencia del efecto cooperativo en la unión de las actinoporinas a membranas modelo y en el mecanismo de formación del poro. (kdelgado[at]fbio.uh.cu)

 

Colaboradores

Lic. Jorge Enrique Hernández, Reserva científica: Realiza su tesis de maestría en la identificación de los residuos conservados de las interfases de interacción de los complejos de proteasas de tipo serino con los inhibidores de las familias BTPI-Kunitz y Kazal. (jheg[at]fbio.uh.cu) Laboratorio de Inhibidores de Proteasas (CEP).

Lic. Erney Ramirez Aportela (CEAC)

MSc. Alina Agramonte (UCI)

MSc. Orlando Rodríguez (UCI)

MSc. Dany Naranjo Feliciano (CENSA)

 

Primeros Integrantes

Dr. Tirso Pons Hernández: Dirigió el Laboratorio de Biología Computacional en el período 2006-2011. Dirección actual: Laboratorio de Biología Estructural y Computacional, Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas, Madrid, España. (tirsopons[at]gmail.com)

MSc. Amaury Pupo Meriño (2006): Dirección actual: Departamento de Biología de Sistemas, Centro de Inmunología Molecular, La Habana, Cuba. (amaury[at]cim.sld.cu)

MSc. Hansel Gómez (2007-2009): Dirección actual: Laboratorio de Mecanismos y Dinámica de las Reacciones Químicas. Universidad Autónoma de Barcelona. (hansel[at]qf.uab.cat)

Lic. Danny Jorge Martínez Herrera (2007-2010): Dirección actual: Centro de Bioactivos Marinos, La Habana, Cuba.

 

Publicaciones en revistas indexadas:

2011

  • Ley AG, Valiente P A, Pascutti PG, and Pons T (2011) Computational Perspectives into Plasmepsins Structure-Function Relationship: Implications to Inhibitor Design. Journal of Tropical Medicine July: 657483.
    http://www.hindawi.com/journals/jtm/aip/657483/
  • Marrero-Coto J, Ehrenhofer-Murray AE, Pons T, Siebers B. (2011) Functional analysis of archaeal MBF1 by complementation studies in yeast. Biol Direct. 10; 6(1):18.
    PMID: 21392374; http://www.biology-direct.com/content/6/1/18
  • Pentón D, Pérez-Barzaga V, Díaz I, Reytor ML, Campos J, Fando R, Calvo L, Cilli EM, Morera V, Castellanos-Serra LR, Pazos F, Lanio ME, Alvarez C, Pons T, Tejuca M. (2011) Validation of a mutant of the pore-forming toxin sticholysin-I for the construction of proteinase-activated immunotoxins. Protein Eng Des Sel. 24(6):485-93.
    PMID: 21296830 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21296830
  • Pascual I, Gómez H, Pons T, Chappé M, Lopéz A, Saroyán A, del Pozo L, Charli JL, and Chávez MA.(2011) Effect of divalent cations on the porcine kidney cortex membrane-bound form of dipeptidyl peptidase IV. Int. J Biochem. Cell Biol. 43 (3):363-371.
    PMID: 21093607; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21093607

2010

  • Valiente PA, Gil A, Batista PR, Caffarena ER, Pons T, and Pascutti PG. (2010) New Parameterization Approaches of the LIE Method to Improve Free Energy Calculations of PlmII-Inhibitors Complexes. J. Comput. Chem. 31(15):2723-2734.
    PMID: 20839299; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20839299
  • Perera E, Pons T, Hernández D, Moyano FJ, Martínez-Rodríguez G, and Mancera JM. (2010) New members of the brachyurins family in lobster include a trypsin-like enzyme with amino acid substitutions in the substrate-binding pocket. FEBS J. 277(17):3489-3501.
    PMID: 20649906; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20649906
  • Ruiz-Peña M, Oropesa-Núñez R, Pons T, Renaux-Louro S, and Pérez-Gramatges A. (2010) Physico-chemical studies of molecular interactions between non-ionic surfactants and bovine serum albumin. Colloids Surf. B: Biointerfaces 75(1):282-9.
    PMID: 19782541; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19782541

2008

  • Valiente PA, Batista PR, Pupo A, Pons T, Valencia A, and Pascutti PG. (2008) Predicting functional residues in Plasmodium falciparum plasmepsins by combining sequence and structural analysis with molecular dynamics simulations. Proteins 73(2):440-457.
    PMID: 18442137; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18442137

2007

  • Pons T, Montero LA, Febles JP. (2007) Computational biology in Cuba: an opportunity to promote science in a developing country. PLoS Comput Biol. 3(11):e227.
    PMID: 18052536; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18052536
  • González Y, Pons T, Gil J, Besada V, Alonso del Rivero M, Tanaka AS, Araujo MS, and Chávez MA. (2007) Characterization and comparative 3D modelling of CmPI-II, a novel “non-classical” Kazal-type inhibitor from the marine snail Cenchritis muricatus (Mollusca). Biol. Chem. 388(11):1183-1194.
    PMID: 17976011; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17976011
  • Naranjo D, Díaz de Arce H, Pérez E, Valiente P A , Carrasco R, and Martínez S (2007) Modelación por homología de la Catepsina B de Fasciola Hepática. Rev. Salud Anim. Vol. 29 No. 1 (2007): 58-64.

2006

  • Pons T, González B, Ceciliani F, and Galizzi A. (2006). FlgM anti-sigma factors: identification of novel members of the family, evolutionary analysis, homology modeling, and analysis of sequence-structure-function relationships. J. Mol. Model. 12(6):973-983.
    PMID: 16673084; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16673084