A-E
Ácido
desoxirribonucleico (deoxyribonucleic acid)
Uno de los dos tipos fundamentales de ácidos
nucleicos que se encuentran en los organismos vivos. El ácido
desoxirribonucleico ó ADN es generalmente bicatenario,
formando una estructura tridimensional helicoidal que se conoce como doble
hélice. La pentosa en los residuos de nucleótidos
que lo forman es la 2’-desoxiribosa, a la cual se unen indistintamente
las bases nitrogenadas adenina (A), guanina (G), citosina (C) y timina
(T). El ADN es la molécula portadora de la información
genética.
Ácido nucleico
(nucleic acid)
Polinucleótido natural mono o bicatenario no ramificado, en el
que los residuos de nucleótidos
están dispuestos en una secuencia
específica y unidos por enlaces fosfodiéster. v. ácido
ribonucleico y desoxirribonuleico.
Ácido ribonucleico, ARN (ribonucleic
acid, RNA)
Uno de los dos tipos fundamentales de ácidos
nucleicos que se encuentran en los organismos vivos. La pentosa en
los residuos de nucleótidos
que lo forman es la ribosa, a la cual se unen indistintamente las bases
nitrogenadas adenina (A), guanina (G), citosina (C) y uracilo (U). Las
diferentes formas del ARN participan en diversos procesos celulares y
son claves en el proceso de biosíntesis de proteínas. v.
ARN mensajero, ARN
de transferencia y ARN ribosomal.
ADN (DNA)
v. Ácido desoxirribonucleico.
Alelo (allele)
Cualquiera de las formas del mismo gen
que aparecen en la misma posición en el genoma,
pero que se diferencian en cuanto a su secuencia
nucleotídica y por tanto, pueden dar lugar a proteínas
con diferente función, algunas de las cuales pueden estar implicadas
en procesos patológicos.
α-hélice (α-helix)
Uno de los dos elementos básicos fundamentales de la estructura
secundaria de las proteínas
(el otro es la lámina β).
Esta configuración helicoidal o espiral de una cadena polipeptídica
se mantiene gracias a la formación de puentes de hidrógeno
entre el grupo carbonilo del enlace peptídico de un residuo, con
el grupo imino del enlace peptídico del tercer residuo consecutivo
en la misma cadena.
Algoritmo (algorithm)
Secuencia de pasos que conforman una tarea específica, usualmente
en el ámbito computacional.
Alineamiento
de secuencias (sequence alignment)
Arreglo mutuo de dos o más secuencias,
que muestra donde estas son similares y donde difieren. Un alineamiento
óptimo es aquel que muestra la mayor cantidad de correspondencias
y la menor cantidad de diferencias.
Aminoácido (amino acid)
Compuestos cuya estructura incluye un grupo amino, un grupo carboxilo
y una cadena lateral de composición variable. Veinte aminoácidos
conocidos como "estándar" son los principales monómeros
de las cadenas polipeptídicas que forman las proteínas.
ARN (RNA)
v. Ácido ribonucleico.
ARN de transferencia,
ARNt (transference RNA, tRNA)
Cualquiera de las moléculas relativamente pequeñas de ARN
que median la correcta inserción de un aminoácido
en la cadena polipéptídica naciente, durante el proceso
de traducción.
ARN mensajero, ARNm
(messenger RNA, mRNA)
Cualquiera de las moléculas de ARN
monocatenario con un tiempo de vida media relativamente corto, que llevan
la información contenida en los genes
hasta el ribosoma, donde tiene
lugar la traducción.
Se forma en el núcleo de
la célula mediante el proceso de transcripción
del ADN.
ARN ribosomal, ARNr
(ribosomal RNA, rRNA )
Cualquiera de las moléculas de ARN
que forman parte de la estructura del ribosoma.
Los ARN ribosomales se distinguen por su coeficiente de sedimentación
(dado en unidades Svedberg ó
S), por ejemplo: los ARN 5S y 23S de la subunidad mayor
de los ribosomas eucariontes.
Base de datos
(database)
Conjunto de datos consistente y usualmente persistente, organizado en
un modo específico que permita acceder a la información
de forma fácil y rápida. En el mundo de la informática
existen varios sistemas que permiten gestionar bases de datos, muchos
de ellos basados en el leguaje SQL, sin embargo, en
la práctica, cualquier fichero que contenga información
organizada según un formato
específico puede considerarse como una base de datos, por ejemplo:
un fichero escrito en formato FASTA
o en un lenguaje de marcado
como XML.
Bioinformática
(bioinformatics)
De manera simplificada, la aplicación de las tecnologías
de la computación y la información al manejo y análisis
de información de origen biológico.
Biología
computacional (computational biology)
v. Bioinformática.
Este término se aplica, generalmente, a la creación de modelos
computacionales a partir de datos obtenidos no necesariamente a nivel
molecular.
Biología de los sistemas (systems biology)
Un nuevo enfoque de las ciencias biológicas, que se basa en el
estudio de la estructura y dinámica de los sistemas biológicos
como tales, apoyado pero no restringido a las evidencias experimentales
obtenidas a partir del estudio de sus componentes individuales.
Biología
molecular (molecular biology)
Rama de la biología que se dedica al estudio de la estructura y
función de las macromoléculas esenciales para la vida (y
especialmente su rol desde el punto de vista genético).
Biosíntesis de proteínas
(protein byosynthesis)
Proceso de síntesis de proteínas
en la célula. La biosíntesis
de proteínas abarca la transcripción
de la información contenida en los genes
estructurales (en la forma de ADN)
para formar los ARN mensajeros
correspondientes; los que luego son usados en la síntesis de las
cadenas polipeptídicas en los ribosomas,
como parte de un proceso denominado traducción.
Célula (cell)
La unidad básica de estructura y función de todos los organismos
vivos. Formada usualmente por un compartimiento principal delimitado externamente
por una membrana que permite el intercambio selectivo de sustancias e
información con el medio ambiente. El núcleo
de la célula es el espacio que contiene la mayor parte del ADN
celular y puede estar delimitado o no por una membrana conocida como membrana
nuclear. Las células que carecen de membrana nuclear se
conocen como procariotas y son típicas de organismos
unicelulares inferiores como las bacterias (procariontes),
mientras que las que presentan membrana nuclear se conocen como eucariotas
y son típicas de algunos organismos unicelulares como hongos y
algas, y de todos los organismos superiores (eucariontes).
Las células eucariotas contienen un número variable de orgánulos
dentro del compartimiento principal, algunos también delimitados
por envolturas y membranas, como las mitocondrias.
CGI
del inglés common gateway
interface.
Una interfaz que permite ejecutar
programas en servidores web, procesando
datos introducidos por un cliente remoto y devolviendo los resultados
al cliente en la forma de contenido web,
tal y como si el programa se hubiese ejecutado en el equipo cliente.
Cluster de computadoras
(computer cluster)
Un grupo de computadoras interconectadas que funcionan como una unidad
de alto rendimiento. Una de las implementaciones más populares
es la basada en nodos que ejecutan Linux
como sistema operativo
y otros componentes de software
encargados del procesamiento
paralelo, conocida como cluster de tipo Beowulf.
Código abierto (open-source)
Relativo al software para el cual
el código
fuente está disponible en forma gratuita.
Código fuente (source code)
Conjunto de instrucciones escritas en un lenguaje específico, en
la forma de un fichero de texto, que es convertido a un programa directamente
ejecutable en la computadora. Este término es generalmente utilizado
en el contexto de los lenguajes
de compilador, en el caso de los lenguajes
de intérprete se acostumbra a usar el término guión.
Consenso (consensus)
Una manera de representar la información
que aporta un alineamiento de secuencias. El consenso descarta
toda la información, excepto la más significativa, concentrándose
sólo en las posiciones más conservadas.
Correo electrónico (e-mail)
Tecnología asociada al desarrollo de Internet
que permite escribir mensajes en una computadora y enviarlos a otra computadora
remota en segundos.
Doble hélice (double helix)
Arreglo de estructura tridimensional
que generalmente adopta el ADN en su
forma nativa. El modelo de doble hélice, propuesto por Watson y
Crick en 1953, consiste en dos cadenas polinucleotídicas de ADN
enrrolladas en forma helicoidal sobre el mismo eje. Esta estructura se
estabiliza por los puentes de hidrógeno que se establecen entre
pares de bases nitrogenadas (A-T, C-G), de manera que, uno de los miembros
de cada par pertenece a una de las cadenas y el otro a la otra, denominada
complementaria.
Dominio (domain)
Segmento de cadena polipeptídica
que se pliega de forma independiente
del resto de la cadena y que usualmente tiene una función específica.
También usado para designar al segmento de gen
que codifica para éste.
Entrada (entry)
Cada uno de los elementos funcionales que representan una unidad en un
fichero que fue creado utilizando un formato
específico. Por ejemplo: una entrada en un fichero de secuencias
de proteínas está constituida por
toda la información referente a una secuencia, incluida la secuencia
como tal.
Enzima (enzyme)
Una macromolécula, proteína
ó ARN, que cataliza una reacción
específica en el metabolismo.
Las enzimas (al igual que todos los catalizadores) no afectan el equilibrio
de la reacción, sino que aumentan la velocidad de reacción
brindando un camino de menor energía de activación.
Escisión (splicing)
Proceso mediante el cual los intrones
son escindidos del ARN mensajero
que fue transcripto a partir
de un gen discontinuo. En algunos casos
también se escinden exones
(de forma controlada) dando lugar a diferentes productos proteicos que
derivan del mismo gen, en un proceso
que se conoce como escisión o splicing alternativo.
EST
del inglés expressed sequence
tags.
Fragmentos cortos (300-500 pb) de secuencias de ADN
derivadas de ARN mensajero,
que se obtienen en grandes cantidades y representan un cuadro de las proteínas
que se expresan en un momento o estadio de desarrollo dado. Representan
las "etiquetas de expresión" de una librería
de cDNAs.
Estación
de trabajo (workstation)
Cualquier computadora, generalmente conectada a una red,
que se usa para llevar a cabo tareas específicas de cálculo
o cualquier otro tipo de procesamiento de la información. El término
fue originalmente usado para referirse a computadoras de alto rendimiento
con uno o varios procesadores y sistema operativo
UNIX, pero en la actualidad no hay muchas diferencias
entre una y otra acepción.
Estructura tridimensional
(tridimensional structure)
La disposición espacial de los elementos estructurales que forman
parte de las biomoléculas, la cual determina intrínsicamente
su función biológica. La estructura tridimensional de una
proteína está directamente
determinada por la estructura primaria o secuencia
aminoacídica y generalmente se subdivide en varios niveles para
su mejor estudio. La estructura secundaria
hace referencia a la disposición espacial de los átomos
en la cadena polipeptídica, en la forma de elementos básicos
que se repiten, como las α-hélices
o las láminas β.
La estructura terciaria hace referencia
al plegamiento de la cadena
polipeptídica en el espacio, considerada como un todo. La estructura
cuaternaria hace referencia a la disposición espacial
de las cadenas polipeptídicas en proteínas formadas por
más de una cadena (proteínas multiméricas).
Estudio de asociación (association
study)
Estudio de los factores que contribuyen a aumentar el riesgo de padecer
una determinada enfermedad. Comúnmente aplicado a la identificación
de alelos relacionados con procesos
patológicos. Los alelos cuya presencia puede aumentar el riesgo
de padecer una determinada enfermedad suelen encontrarse con una mayor
frecuencia en individuos que padecen la enfermedad, con relación
a los que no la padecen; por ejemplo, el alelo ε4 del gen de la
proteína APOE está asociado a la ocurrencia de la enfermedad
de Alzheimer.
Eucarionte (eukaryote)
Referido a los organismos con células
eucariotas o a cualquier elemento biológico típico de
estos.
Exón (exon)
Región no codificante dentro de un gen
discontinuo.
Expresión (expression)
El proceso que permite que la información contenida en los genes
(genotipo) se manifieste en la forma de caracteres
biológicos o fenotipo. En el caso específico
de los genes que codifican para proteínas, la expresión
implica al proceso de biosíntesis
de proteínas.
F-J
Familia (family)
Grupos de proteínas (y sus genes
codificantes) que comparten características funcionales semejantes
y una obvia relación entre sus secuencias.
FASTA (FASTA)
1. (algoritmo, herramienta) Una herramienta desarrollada
por Pearson y Lipman para el alineamiento de secuencias de ácidos
nucleicos y proteínas.
2. (formato) Uno de los formatos
más simples utilizados para almacenar secuencias
nucleotídicas o aminoacídicas. Una entrada
con formato FASTA tiene dos bloques fundamentales, el primero está
formado por una sola línea que comienza con '>' y no es más
que una descripción de la secuencia y el segundo está formado
por la secuencia en sí e implica tantas líneas como sea
necesario. Por ejemplo: >NADH dehydrogenase I chain J
MTFQLILFYIFAVIILYGAIKTVTAKNPVHAA
VGAVMVLTFCVSAMLWMLMQAEFLGVTLVVVY
LHLVLFLFVVMMLNIDIEEMRAGFWRHAPVAG
DIPAVVGTLLAVALILILVNPKTDLAAFGLMK
DYNNIRDLGSRIYTDY
Fenotipo (phenotype)
El conjunto de caracteres biológicos o características
estructurales y funcionales observables (no necesariamente a simple vista)
de un organismo, determinado por el genotipo y
por la interacción de este con el medio ambiente.
Filogenética (phylogenetics)
La rama de la biología que se ocupa de descubrir las líneas
de origen o filogenias de los organismos, a fin de construir
las relaciones antepasado-descendientes (relaciones evolutivas)
entre los grupos de organismos vivos y extinguidos. En el contexto molecular
estas relaciones se infieren a partir de las similitudes y diferencias
en secuencias aminoacídicas o nucleotídicas.
Fisioma (physiome)
Conjunto de modelos creados para describir cuantitativamente la dinámica
fisiológica y el comportamiento funcional de un organismo como
un todo. Mayormente usado en el contexto humano.
Fisiómica
(physiomics)
Rama de la biología que se dedica al estudio del fisioma,
incluyendo los métodos y técnicas específicas que
se usan con este objetivo.
Formato
(format)
En el mundo de la informática, el conjunto de reglas o especificaciones
mediante las cuales se pueden organizar datos de diversa naturaleza, para
poder acceder posteriormente a estos a través de los intérpretes
adecuados. v. lenguaje de
marcado, FASTA.
FTP
del inglés file transfer
protocol.
Uno de los miembros de la familia de protocolos TCP/IP, que permite el
intercambio bidireccional de ficheros y manejo de directorios, entre dos
computadoras en la red. Los programas que permiten llevar a cabo estas
operaciones usando el protocolo FTP, se denominan clientes FTP
y son similares a los clientes web como los navegadores, los cuales también
intercambian información, pero utilizando el protocolo HTTP. La
mayoría de los clientes web tienen integrada la función
de cliente FTP.
Gen (gene)
La unidad de información genética en un organismo vivo,
enmarcada por un contexto estructural y/o funcional dado. Se distinguen
tres clases fundamentales de genes: (1) los genes que son transcritos
a ARN mensajero y traducidos
a una cadena polipetídica
(conocidos como codificantes o estructurales),
(2) los genes que sólo son transcritos a ARN, que codifican para
ARN ribosomal o ARN
de transferencia y (3) los genes reguladores de la
expresión de las dos clases
anteriores. Los genes estructurales típicos de los eucariontes
son discontinuos, las regiones codificadoras (exones)
están interrumpidas por regiones no codificadoras (intrones)
que son eliminadas como parte de un proceso conocido como escisión,
durante su expresión.
Genoma (genome)
El total de la información genética de un organismo o entidad
biológica, dado en la forma de secuencias
de ADN (excepto en algunos virus cuyo
genoma está constituido por ARN).
El genoma puede considerarse como estático cuando se compara con
el proteoma.
Genómica
(genomics)
Rama de la biología que se dedica al estudio del genoma,
incluyendo los métodos y técnicas específicas que
se usan con este objetivo.
Genotipo (genotype)
El total de la información genética de un organismo. A veces
se intercambia con el término genoma.
Guión (script)
Conjunto de instrucciones escritas en un lenguaje
de intérprete, en la forma de un fichero de texto, que es ejecutado
por un intérprete adecuado.
Hardware (hardware)
En computación, los componentes físicos (mecánicos,
magnéticos, electrónicos, eléctricos y ópticos)
que forman parte de la computadora.
HTML
del inglés hypertext
markup language.
Lenguaje de marcado usado como el estándar para especificar
el formato y delimitar el contenido de los documentos del World
Wide Web o páginas web.
HTTP
del inglés hypertext-transfer
protocol.
Uno de los miembros de la familia de protocolos TCP/IP,
que permite el intercambio de información en el World
Wide Web. HTTP es un protocolo
de solicitud/respuesta entre clientes y servidores.
Interfaz de usuario
(user interface)
Recurso de software,
generalmente un componente central del sistema
operativo, diseñado para permitir al usuario interactuar con
el sistema. La interfaz de usuario más simple, conocida como consola
(en inglés shell), utiliza sólo
un monitor y un teclado conectado al sistema y un programa que interpreta
los comandos tecleados por el usuario en la línea
de comandos para ejecutar acciones específicas. En la
actualidad, son comunes las interfaces gráficas de usuario
ó GUIs (del inglés graphical
user interface), que usan, además,
dispositivos apuntadores como el ratón o mouse
e incluyen múltiples elementos gráficos intuitivos como
iconos o botones.
Internet (Internet)
Una amplia red global de estaciones
de trabajo derivada de una red militar que se comenzó a desarrollar
en 1969, en los Estados Unidos (ARPANET). ARPANET fue
diseñada para ser confiable, en el sentido de que si una zona de
la red era dañada, por un accidente o ataque enemigo, los mensajes
entre las otras computadoras serían automáticamente redireccionados;
lo que hizo que este tipo de red se popularizara y se convirtiera en el
estándar actual de comunicación entre computadoras. Internet
se apoya en varias tecnologías, entre ellas la familia de protocolos
TCP/IP.
Intérprete (interpreter
o parser)
Un programa que es capaz de interpretar un formato
específico previamente definido, o sea, es capaz de dividir en
elementos funcionales un fichero escrito en ese formato. El término
también se aplica a los programas que ejecutan guiones
escritos en lenguajes
de intérprete.
Intranet (intranet)
La red local de una organización,
con acceso generalmente restringido a uso interno. Muchas veces este término
se usa para referirse al componente más visible y popular, que
es el sitio web interno. Las intranets
se construyen sobre las mismas bases, protocolos
y tecnologías sobre las que está construida Internet.
Intrón (intron)
Región codificante dentro de un gen discontinuo.
K-O
Lámina β
(β sheet)
Uno de los dos elementos básicos de la estructura
secundaria de las proteínas (el otro
es la α-hélice). Las láminas
β están formadas por hojas β (en inglés:
β-strands) dispuestas de forma paralela o antiparalela y
conectadas por puentes de hidrógeno alternados entre los grupos
carboxilo e imino del enlace peptídico de los residuos de una hoja
y la adyacente.
Lenguaje de
compilador (compiler language)
Un lenguaje de programación en el que el código
fuente es convertido a un programa directamente ejecutable por la
computadora, mediante otro programa conocido como compilador.
Los programas generados por un compilador son autosuficientes,
pues no se precisa de ningún programa adicional para ejecutarlos
(comparar con lenguaje
de intérprete). C, C++ y
FORTRAN son ejemplos de lenguajes distribuidos en la
forma de lenguajes de compilador.
Lenguaje de
intérprete (interpreter language)
Un lenguaje de programación en el que el código
fuente se presenta en la forma de ficheros de texto conocidos como
guiones, que son convertidos a una forma directamente
ejecutable por la computadora, línea a línea, cada vez que
son ejecutados. Para esto se precisa de otro programa adicional, denominado
intérprete, por lo que no son autosuficientes
(comparar con lenguaje de compilador).
Algunos lenguajes de intérprete están diseñados para
ejecutarse sobre el WWW y muchos pueden adquirirse
tanto en la forma de intérprete como en la forma de compilador.
Perl, Python, JavaScript
y VBScript son ejemplos de lenguajes generalmente distribuidos
en la forma de lenguajes de intérprete.
Lenguaje de marcado
(markup language)
Un conjunto de símbolos y reglas que se usan para especificar el
formato y delimitar el contenido
de un documento dado, que después será interpretado por
un programa específico. Por ejemplo, el lenguaje HTML
es usado para especificar el formato de las páginas web que serán
presentadas en un explorador.
Librería de cDNAs
(cDNA library)
Una colección de moléculas bicatenarias de ADN
(cDNAs) obtenidas a partir de las moléculas de
los ARN mensajeros correspondientes.
Puesto que los cDNAs se obtienen a partir de moléculas de ARN mensajero,
las librerías de cDNAs permiten obtener información acerca
de los genes estructurales que se están
expresando en la célula
en un momento dado. Las librerias de cDNAs también se usan experimentalmente
para conocer la secuencia codificante
de los genes discontinuos típicos
de eucariontes, después
de que los exones han sido escindidos.
Linux
Sistema operativo derivado
de UNIX que, manteniendo casi todas
las ventajas que este último ofrece, puede ser ejecutado en computadoras
personales. Fue desarrollado originalmente por el estudiante finlandés
de informática Linus Torvalds, que publicó su código
fuente en 1990, en la forma de código
abierto. Este hecho, unido a la estructura modular
del sistema operativo (basado en la integración de componentes
de software independientes) generó una nueva visión de desarrollo
informático y ha permitido que Linux se haya expandido notablemente,
gracias al trabajo, muchas veces voluntario y sin ánimo de lucro,
de miles de programadores a todo lo largo del mundo. Actualmente están
disponibles varias distribuciones de Linux, ofertadas por diversos proveedores,
como RedHat, SuSE o Mandrake Inc.
Metabolismo
(metabolism)
El conjunto regulado y coordinado de reacciones químicas que tienen
lugar en un organismo vivo, cada una catalizada por una enzima
específica. Una vía metabólica es
el conjunto de reacciones que lleva a la síntesis o degradación
de una biomolécula dada, en tanto que un metabolito
es un intermediario en una vía metabólica. El metabolismo
es la suma del anabolismo (conjunto de las vías
de síntesis, que requieren energía) y del catabolismo
(conjunto de las vías de degradación, que permiten obtener
la energía necesaria para poder llevar a cabo las vías de
síntesis).
Metaboloma
(metabolome)
El conjunto de vías metabólicas
que ocurren en una célula, tejido u organismo, incluyendo su interrelación
y regulación.
Metabolómica
(metabolomics)
Rama de la biología que se dedica al estudio del metaboloma,
incluyendo los métodos y técnicas específicas que
se usan con este objetivo.
Middleware
Término usados para referirse a los componentes de software
que actúan como intermediarios entre otros componentes de software,
generalmente, en el marco de la interacción cliente/servidor.
Ejemplos típicos son los programas desarrollados para ejecutar
las consultas que diferentes usuarios de la red
hacen a una base de datos central
que está ubicada en el servidor.
Motivo (motif)
Regiones conservadas relativamente cortas (de 10 a 20 residuos) en un
alineamiento múltiple
de varias secuencias de proteínas
que pertenecen a la misma familia.
Los motivos, también conocidos como bloques, representan
usualmente elementos importantes desde el punto de vista estructural o
funcional y pueden utilizarse como descriptores de la familia en cuestión.
Mutación (mutation)
Proceso mediante el cual el material genético sufre un cambio detectable
y heredable, generalmente en la forma de una variación en la secuencia
del ADN. Estas variaciones pueden ser puntuales (cambio
de un nucleótido por otro) o deberse a la inserción
(ganancia) o deleción (pérdida) de un segmento
de nucleótidos. Las mutaciones son la base de la existencia de
los alelos.
Nucleótido
(nucleotide)
Compuesto formado por una base nitrogenada enlazada covalentemente
a una pentosa fosforilada en uno de sus residuos hidroxilo. Cinco nucleótidos
son los monómeros que mayormente forman las cadenas polinucleotídicas
de los ácidos nucleicos,
formados por las bases nitrogenadas adenina (A), timina (T), citosina
(C), guanina (G) y uracilo (U), respectivamente.
P-T
Patrón (pattern)
Descriptor de un motivo. Un patrón
es una representación abreviada de la secuencia
consenso de un motivo. Los patrones,
también conocidos como expresiones regulares,
se han utilizado para la identificación de motivos en el análisis
de secuencias.
Perl
del inglés practical extraction
and report language (aunque el
término 'Perl' no es exactamente un acrónimo, por lo que
no debe escribirse como PERL).
Un lenguaje de programación creado por Larry Wall en la década
de los 80s y distribuido mayormente en la forma de un lenguaje
de intérprete gratuito. Perl es un lenguaje de fácil
aprendizaje, que brinda numerosas facilidades para el trabajo eficiente
con cadenas de caracteres y la identificación de patrones de texto
(expresiones regulares), por lo cual es muy usado en el análisis
de secuencias biológicas.
PHP
del inglés hypertext preprocessor
(acrónimo recursivo).
Un lenguaje de programación utilizado mayormente para desarrollar
servicios web. PHP es un lenguaje de fácil
aprendizaje, distribuido en forma gratuita, que permite interactuar con
muchos sistemas de gestión de bases de datos.
Plegamiento (folding)
El proceso a través del cual una cadena polipeptídica (proteína)
adquiere una estructura tridimensional
específica y única.
Procarionte
(prokaryote)
Referido a los organismos con células
procariotas o a cualquier elemento biológico típico
de estos.
Procesamiento
paralelo (parallel processing)
Ejecución simultánea de una misma tarea (dividida y adaptada
especialmente) en múltiples procesadores, con el fin de obtener
resultados en menor tiempo y de manera más eficiente. El procesamiento
paralelo se implementa en clusters de computadoras.
Proteína (protein)
Una macromolécula compuesta por una o más cadenas
polipeptídicas, cada una con una secuencia
característica de aminoácidos
enlazados por enlace peptídico. Las proteínas
son las principales macromoléculas que forman parte de los organismos
vivos y son cruciales en prácticamente todas las funciones celulares.
Proteoma (proteome)
El conjunto de proteínas
que se están expresando en un momento dado, en una célula,
tejido u organismo. El proteoma puede considerarse como dinámico
si se compara con el genoma, pues
varía con el tiempo y/o con diferentes estados fisiológicos
o patológicos específicos.
Proteómica
(proteomics)
Rama de la biología que se dedica al estudio del proteoma,
incluyendo los métodos y técnicas específicas que
se usan con este objetivo.
Protocolo (protocol)
Conjunto de reglas que definen el intercambio de datos entre computadoras.
Cada protocolo se encarga de una forma específica de intercambio,
por ejemplo el protocolo SMTP de la familia TCP/IP
se encarga de la recepción de mensajes de correo entrante.
Proyectos de secuenciación
de genomas (genome sequencing proyects)
Programas de colaboración científica, generalmente entre
varias naciones, cuyo objetivo es obtener un conocimiento básico
acerca de la secuencia y función de los
genes incluidos en el genoma
de una o varias especies.
Recombinación (recombination)
El proceso a través del cual se forma un nuevo genotipo,
generalmente debido a reordenamientos que ocurren a nivel del genoma.
Recurso computacional (computational resource)
Cualquier elemento de naturaleza computacional (generalmente de software)
que asiste al usuario en la realización de una tarea específica.
Los recursos computacionales son generalmente bases
de datos ó programas (también conocidos como aplicaciones)
que se encuentran en la misma estación
de trabajo o en servidores
remotos a los que se accede vía Internet
(v. servicio web).
Red (network)
Un conjunto de elementos ó nodos interconectados
entre sí por un conjunto de relaciones binarias.
1. En computación, un grupo de computadoras que
pueden comunicarse entre sí utilizando cualquiera de los protocolos
que se han desarrollado con este objetivo. Originalmente, este término
se usaba para designar a un grupo de computadoras físicamente conectadas
entre sí. En la actualidad, gracias al surgimiento de los sistemas
de redes de tipo Internet, el
hecho de que dos computadoras puedan comunicarse no implica necesariamente
que exista una conexión física entre ambas, pues los mensajes
viajan de computadora en computadora a todo lo largo de la red, hasta
alcanzar su destino correcto.
2. En biología, una forma de representar varios
procesos o sistemas que evidencian un alto grado de interrelación
entre sus componentes, por ejemplo, el metabolismo
y su regulación, la regulación de la expresión
de los genes o la interconexión
entre las neuronas en el contexto del sistema nervioso.
Registro (record)
v. Entrada. El término registro se usa preferiblemente
para designar las entradas de bases de datos
creadas con un lenguaje profesional como SQL.
Replicación
(replication)
Proceso en el cual se obtienen dos moléculas de ADN
doble cadena hijas a partir de una molécula doble cadena parental.
Cada una de las dobles hélices
hijas está formada por una hebra de la molécula parental
y una sintetizada como parte del proceso, por lo que este se describe
como semiconservativo.
Revolución genómica (genomic
revolution)
Término utilizado para hacer referencia a la explosión masiva
de información que se ha generado y continúa generándose
como resultado de varias décadas de investigación en el
campo de la biología molecular y de la fundación de múltiples
proyectos de secuenciación
de genomas a nivel mundial. Se usa también el término
era postgenómica (luego de que en 2000, dos grupos
independientes presentaran el primer borrador del genoma
humano) para enmarcar este momento crucial en el desarrollo de la biología.
Ribosoma (ribosome)
Un agregado supramolecular intracelular de cerca de 200 Å de diámetro,
formado por ARN y proteínas.
El ribosoma es el sitio de la traducción
del ARN mensajero en el proceso
de biosíntesis
de proteínas. Los ribosomas, tanto en eucariontes
como en procariontes, están
formados por dos subunidades que se distinguen por su coeficiente de sedimentación
(dado en unidades Svedberg ó
S): una mayor (de 50S en procariontes y de 60S en eucariontes)
y una menor (de 30S en procariontes y de 40S en eucariontes).
Secuencia (sequence)
La disposición ordinal de los monómeros que forman parte
de las biomoléculas de tipo "polimérico" como
los ácidos nucleicos
y las proteínas. La mayor
parte de la información en el contexto de los sistemas biológicos
está representada en la forma de secuencias nucleotídicas
(en los ácidos nucleicos) y aminoacídicas (en las proteínas).
Las variaciones en la secuencia nucleotídica de los genes
que codifican para proteínas, debidas a mutaciones,
pueden mediar variaciones en la secuencia aminoacídica de estas
proteínas. En tanto que, tales variaciones en la secuencia aminoacídica
de las proteínas, usualmente acarrean variaciones en su estructura
tridimensional y por ende, en su función.
Servicio web
(web service)
Recurso de software
que se ejecuta en un servidor web
remoto, en respuesta a la solicitud hecha por un cliente. Los servicios
web son equivalentes a cualquier aplicación que corre en un equipo
local, sólo que la información necesaria para llevar a cabo
una tarea específica es enviada al servidor y el resultado de esa
tarea, devuelto al usuario, ambos en la forma de contenido web.
Servidor (server)
Componentes de software (y las
computadoras en que estos se ejecutan) que se encargan de realizar una
o varias tareas en función de terceros, generalmente en el contexto
de una red. Los componentes de software
(y las computadoras en que estos se ejecutan) que se sirven o hacen uso
de las funciones que llevan a cabo los servidores, se denomina clientes.
Los servidores se ocupan de gestionar el tráfico en la red, manejar
la identificación de cada una de las estaciones
de trabajo que forman parte de esta y brindar una gran cantidad de
servicios a los clientes, como acceso a ficheros e Internet,
correo electrónico, etc.
Los servidores web son aquellos que se encargan de servir
contenido web, vía el protocolo
HTTP, a los clientes web,
mayormente exploradores o navegadores
(en inglés browsers), como Mozilla ó
Microsoft© Internet Explorer.
Similitud (similarity)
Una medida de la semejanza entre dos secuencias,
que no necesariamente implica una relación de parentezco entre
estas. En la práctica, la similitud entre dos secuencias se expresa
en base al por ciento que representa el número de residuos idénticos
en el alineamiento, con respecto
al número total de residuos en la secuencia más corta, valor
que se conoce como por ciento de similitud o identidad.
Sistema operativo
(operating system)
El software responsable del control
y manejo directo del hardware
y las operaciones básicas del sistema, así como de la ejecución
de otros recursos
de software. El sistema operativo es el primer elemento de software que
se carga en la memoria del ordenador, por lo que todos los recursos que
se ejecutan posteriormente dependen exclusivamente de las prestaciones
que este sea capaz de brindar. Por esta razón, muchas veces se
usan los términos entorno o plataforma
de ejecución para referirse a un sistema operativo. La mayoría
de los sistemas operativos llevan a cabo un conjunto de operaciones básicas
como el manejo de la memoria, acceso a unidades de almacenamiento e implementación
de las interfaces de usuario.
El componente que se dedica a estas operaciones se conoce, generalmente,
como kernel o núcleo. Actualmente,
los sistemas operativos usados en la mayoría de los servidores
y estaciones de trabajo,
a nivel mundial, se han consolidado en dos grandes familias: la familia
Microsoft© Windows™ (9x, Me, NT, XP, etc.) y la familia de
productos UNIX/Linux.
Software (software)
En computación, procedimientos y reglas lógicas escritas
en la forma de programas y aplicaciones, que definen el modo de operación
de la computadora. Tienen carácter virtual (en contraposición
con el hardware)
y están almacenadas en los diferentes tipos de memoria de lectura/escritura.
SQL
del inglés structured query
language.
Un lenguaje que se ha convertido en uno de los estándares actuales
para la gestión de bases
de datos. Hoy existen varios sistemas profesionales basados en SQL,
que permiten una gestión eficiente de bases de datos y el acceso
a estas sobre redes e Internet,
por ejemplo: MySQL ó PostgreSQL.
TCP/IP
del inglés transfer control
protocol/internet protocol.
Familia de protocolos
sobre los cuales funciona Internet,
que se ha convertido en el estándar actual de comunicación
entre computadoras. Conocida por estas siglas debido a que los dos protocolos
más importantes son: el protocolo IP, que se ocupa
de transferir los paquetes de datos hasta su destino adecuado y el protocolo
TCP, que se ocupa de garantizar que la transferencia
se lleve a cabo de forma correcta y confiable.
Traducción (translation)
El proceso mediante el cual la información contenida en una molécula
de ARN mensajero especifica
la secuencia de aminoácidos
para la síntesis de una cadena polipeptídica,
durante el proceso de biosíntesis
de proteínas.
Transcripción (transcription)
El proceso mediante el cual la información contenida en una de
las hebras de una molécula de ADN es usada como
molde para la síntesis enzimática
de una cadena de ARN, con una secuencia
complementaria a la de la cadena de ADN que sirvió de molde.
Transcriptoma
(transcriptome)
El total de todas las formas de ARNs
transcriptos a partir del
genoma, en un célula, tejido u organismo. El transcriptoma, al
igual que el proteoma, puede considerarse
como dinámico cuando se compara con el genoma.
A veces se circunscribe sólo al conjunto de los ARNs
mensajeros.
Transcriptómica
(transcriptomics)
Rama de la biología que se dedica al estudio del transcriptoma,
incluyendo los métodos y técnicas específicas que
se usan con este objetivo.
U-Z
Unidades Svedberg, S (Svedberg units,
S)
Una unidad coherente, no perteneciente al sistema internacional, usada
para medir el coeficiente de sedimentación de macromoléculas
y componentes celulares. El coeficiente de sedimentación dado en
unidades Svedberg se usa comúnmente para distinguir entre varias
formas distintas de moléculas de la misma naturaleza química
o biológica, como el ARN.
UNIX
Sistema operativo multiusuario
y multitarea, desarrollado originalmente por Ken Thompson y Dennis Ritchie
en los laboratorios Bell en 1969, para su uso en minicomputadoras. Ofrece
múltiples ventajas y se considera potente, más portable
e independiente de equipos concretos que otros sistemas operativos. El
UNIX está disponible en varias formas, entre las que se encuentran
AIX, una versión de UNIX adaptada por IBM (para su uso en estaciones
de trabajo basadas en RISC), Solaris, versión de Sun Mycrosystems
y A/UX (versión gráfica para equipos Apple Macintosh).
URL
del inglés uniform resource
locator.
Un identificador único y uniforme para cada recurso en un sistema
basado en la familia de protocolos
TCP/IP, como una intranet
o Internet. El URL de un sitio
comienza con un identificador del tipo de protocolo que se usará
para comunicarse con este sitio, así, los basados en el protocolo
HTTP comienzan con 'http://', mientras
que los basados en el protocolo FTP
comienzan con 'ftp://'. Seguido de este prefijo aparece el nombre de la
computadora en la que se encuentra el recurso y la ruta completa para
acceder a este. El URL de esta página es 'http://fbio.uh.cu/bioinfo/glosario.html'.
World Wide Web (WWW)
Un sistema de intercambio de información capaz de manipular varios
tipos de medios, basado en el protocolo
HTTP. La característica principal
del Worl Wide Web (a veces abreviado como WWW ó
web) es que los diferentes sitios, identificados por
un URL único, pueden referirse de forma cruzada
por elementos de texto "activo" conocidos como hipervínculos
o enlaces. El World Wide Web es una de las bases de Internet.
XML
del inglés extensible markup
language.
Un lenguaje de marcado
extensible que puede usarse para almacenar datos en un formato
estructurado, basado en texto y definido por el usuario.
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