La Facultad de Biología de la Universidad de La Habana cuenta con 4 departamentos docente-investigativos:
Todos estos departamentos se encargan de planificar e impartir cada una de las asignaturas dentro del plan de estudios de pregrado en las tres especialidades y contribuyen a la oferta estable de cursos de postgrado y maestrías que ofrece la Facultad de Biología.